Родилась Матрона Димитриевна Никонова в 1881году, предположительно 1 октября ( 14 по новому стилю), в обычной крестьянской семье, в селе Себино Епифанского уезда Тульской губернии. У супругов Никоновых, Димитрия и Наталии, к тому времени уже было трое детей, братья Иван и Михаил и сестра Мария. Жили они бедно, троих могли прокормить с трудом, а тут – четвертая, да еще калека, слепая, без глаз. Но семья была богобоязненной и чадолюбивой и, не смотря на бедность, об умерщвлении нерожденного дитя в материнской утробе даже и не думали. Соседи посоветовали Никоновым отдать девочку в приют князя Голицына в соседнюю деревню. Такие обычаи — ребенка, ставшего в семье лишним ртом, отдать в приют – были распространены в то время. К тому же приютов, где дети воспитывались за казенный счет, или на деньги богатых благотворителей было немало. Обстановка нагнеталась тем, что из-за физических недостатков ребенка все вокруг говорили, что она не жилец. Однако Наталья помнила странный сон, который приснился ей, когда она носила дочку во утробе. Он был таков. Будто кружит над ней большая белая птица, лицо у которой было человеческое, а глаза закрыты веками. Она долго кружила, но никак нигде не садилась, пока внезапно для Наталии, не примостилась у неё на плече. Женщина поняла, что сон был вещий и предвещал рождение необычного ребенка. И действительно, у новорожденной девочки глазные впадины были закрыты плотно сомкнутыми веками, в точности как у той белой птицы. Наталья отказалась от совета соседей. Муж тоже поддержал ее, сказал что, главное, чтобы семья была вся вместе, а там можно и с хлеба на квас поперебиваться. Конечно, на тот момент родители святой не догадывались, что сон Наталии не просто был вещий, но что, что дитя было отмечено Богом и ему уготовлена удивительная участь. Как и многие святые, получающие от рождения тяжелый крест, особо трудную участь, которая, может быть, для простого человека была бы непосильна, так и Матронушка получила такой крест, родившись без глаз.
День крещения святой старицы Матрона пришелся на 9 ноября (22 ноября по новому стилю). По святцам в этот день празднуется память святой преподобной Матроны Константинопольской, которая и стала небесной покровительницей новорожденной. Крестил Матрону священник Василий, пришедший накануне в Себино, в церковь Успения Богородицы, из соседнего села. Существуют сведения, что отец Василий отличался праведной жизнью и был прозорлив. Во время таинства Крещения , когда священник опустил дитя в купель, присутствующие увидели над младенцем столб благоухающего легкого дыма. Об этом свидетельствовал родственник блаженной, Павел Иванович Прохоров, присутствовавший при Крещении. Отец Василий был сильно удивлен и сказал, что много крестил, но такое видел впервые, и предрек ребенку святость. Обратившись к матери, он добавил: «Если девочка что-то попросит, вы обязательно обратитесь прямо ко мне, идите и говорите прямо, что нужно». Так Господь ещё в крещении блаженной Матроны открыл призыв её на особое служение и святость.
